Déanann na deartháireacha an teicníc ailceimiceach toirmiscthe maidir le haistriú daonna mar iarracht í a aiséirí nuair a fhaigheann Trisha bás den phlá. Mar thoradh air sin, tá na cúltacaí tras-aistrithe agus de réir dlí le malartú comhionann, an chos chlé agus corp iomlán Alphonse de Edward scriosta. Cailleann Edward a lámh dheas chun anam Alphonse a shábháil, agus é a cheangal go bhfuil séala fola ina chulaith airm. Tugann Roy Mustang cuireadh do Edward a bheith ina mhodh chun corp Alphonse a chur ar ais le go ndéanfaidh Ailceimiceoir Stáit taighde air. Bua ag Edward, agus é ag éirí mar ainm de réir a ghéaga post próistéise, an Ailceimiceoir Fullmetal.
Trí bliana ina dhiaidh sin, déanann na Elrics cuardach ar Chloch legendary an Fhealsúnaí chun a gcuid aidhmeanna a bhaint amach. Seolann Marcoh a chuid nótaí le fáil acu, ach foghlaimíonn siad an íobairt riachtanach chun an Chloch a dhéanamh i ndáiríre ná íobairtí daonna. Déanann cara Mustang, Maes Hughes, a gcuid taighde, ach scaoiltear marbh é le Envy faoi cheilt as straitéisí an Homunculi a aimsiú.
Ag féachaint dóibh le Izumi, foghlaimíonn na Elrics go ndearna sí tras-aistriú daonna ar a leanbh marbh-bheirthe. Gabhann an bradach homunculus Greed le Alphonse, ach sábhálann uachtarán Amestris, King Bradley é, a thaispeántar ag feidhmiú mar homunculus Wrath. Dá bhrí sin, déantar an grásta a leá ag Athair tionscnaimh an Homunculi agus é a athshlánú. Filleann Winry agus na Elrics ar Lár na Cathrach chun dul in éineacht le Hughes ach foghlaim faoi a bhás. Tá an Leifteanant Maria Ross frámaithe le haghaidh dúnbhásaithe Hughes, ach is cosúil gur mharaigh Mustang í. Ach, foghlaimíonn Edward gur cuireadh imeacht Ross ar stáitse ionas gur féidir le Mustang í a smuigleáil ó na stáit aontaithe go Xing, le cúnamh ó phrionsa Xingese Ling Yao. Tá Edward ag teacht le chéile arís le Hohenheim ach tá meas mór aige air as a bheith as láthair le fada.
De réir mar a théann an scéal chun cinn, tagann na príomhcharachtair ar na Homunculi arís agus arís eile. Maraíonn Mustang lust; Gabhann Mustang agus Ling an Ghlútan, ach mar sin féin caitheann sé Envy isteach ina null, agus Edward, bolg cosúil le Ling. Tógann Gluttony Alphonse chun bualadh le hAthair, ach casann Ling ar dheis i homunculus, go sonrach an avatar is nuaí de Greed, nuair a éalaíonn na cinn eile ó bolg na Gluttony. Scaoiltear na Elrics chun leanúint dá dtóir ar an gcoinníoll nach gcuireann Athair ina gcoinne.
Ag aimsiú tollán faoi thalamh faoi Briggs, aimsíonn an Ginearál Olivier Armstrong Father agus tá na Elrics ag cruthú grúpa tras-aistrithe náisiúnta agus tá rún aige a thabhairt dá shaoránaigh ionas go mbeidh sé in ann dul suas go dtí an godhood. Aisghabhann Greed betrays Athair agus cuimhní cinn a chuid féin roimhe seo, ag dul i gcomhar le tar éis, agus Edward, minions chimera Kimblee Hohenheim. Nochtann Hohenheim dá mhic ina n-aonar nach bhfuil sé marfach, gur iompaigh sé ina Chloch Fealsúnaí beo ag an Athair ceithre chéad bliain ar ais.
Tagann Lá an Gheall agus ullmhaíonn Athair chun tús a chur lena straitéis ag a bhfuil eclipse agus na cinn a rinne iarracht ar thraschur daonna mar íobairtí atá riachtanach. Bíonn na príomhcharachtair éagsúla i gcoimhlint le minions an Athar, agus na Homunculi go léir ag dul in éag. Tar éis Mustang éigean, chomh maith leis na Elrics, bailítear Izumi, Hohenheim mar na cúiseanna a ghníomhaíonn daidí an tras-aistriú náisiúnta. Mar sin féin, gníomhaíonn Scar agus Hohenheim na Amestrians le sábháil trí fhrithbhearta. Tá Greed scriosta ag Athair, cé go bhfuil daidí os comhair na talún áit a mbíonn na príomhcharachtair ag troid leis chun Cloch a Fhealsúnaí a chaitheamh síos.
Tugann Alphonse, a bhfuil a armúr go léir scriosta tríd an gcoinbhleacht dheireanach in aghaidh an Athar, a spiorad chun an lámh dheas a fháil ar ais, a scriosann Cloch an Athar ina dhiaidh sin, agus é a sheoladh ar ais go Geata Eitreach Fírinne Edward. Cailleann Edward a chumhacht chun ailceimic a dhéanamh chun anam agus corp Alphonse a aisghabháil. Feiceann Hohenheim an uaigh ina bhfaigheann sé bás le gréin de Trisha.
