Sa bhliain 2065, tá an Domhan i lár cogaidh le heachtrannaigh seachthoiseacha ar a dtugtar Nova. Forbraíonn agus traenálann na fórsaí armtha Pandoras, iníonacha ar féidir leo fíochán géiniteach speisialta ar a dtugtar Stigmata (Seikon) a úsáid chun córais agus scileanna arm troda sár-dhaonna a thaispeáint. Ag tacú leis na Pandoras tá comhpháirtithe fireanna ar a dtugtar Limiters, a úsáideann cumhachtaí “reo” áirithe chun saoirse a gcomórtais a shrianadh.
Is é Kazuya Aoi aon cheann de na teorainneacha seo, ar Pandora a deirfiúr nach maireann. Buaileann Kazuya le Pandora láidir, Satellizer el Bridget, leis an leasainm ar an mBanríon Neamh-inchaite, ar a stíl ghlaoite agus ar a haiféifóibe mhór agus í ag freastal ar West Genetics Academy sa tSeapáin. In ainneoin rabhaidh óna gcomhpháirtithe scoile a bheith glan ó Satailíte, tá Kazuya cairdeas léi, agus iarrann sí a bheith ina Teorainn léi. Toilíonn satailíte comhlach a dhéanamh leis, cé go dtitfidh sí go luath ar chomórtas i ngaol grá darb ainm Rana Linchen, a chreideann gurb í Kazuya a maité anam tar éis tacú léi trí roinnt troideanna i gcoinne lucht freasúra an choláiste maidir le poist agus cúrsaí a athrú. Nuair a ionsaíonn Novas a gcoláiste ag baint úsáide as Pandoras atá faoina smacht chun rochtain a fháil ar shaotharlann faoi thalamh na hinstitiúide, cuirtear a gcomórtas ar ceal.
Ceanglaíonn Satailít agus Kazuya le roinnt de dhaltaí West Genetics i saotharlann in Alasca, áit a bhféadfadh siad a bheith i gcabhair le tasc Evolution Pandora (E Pandora), rud a ligeann do ghnáth-mhná trasphlandú Stigmata a fháil chun bheith ina Pandoras. Nuair a théann ceann i measc na E Pandoras as a stuaim féin, eisíonn na cinn eile an bhfuil na cógais sa turgnamh contúirteach, ach go ndéantar iad chun cloí le mianta na heagraíochta gnó chomh maith leis an mbainisteoir. Nuair a fhaightear amach go bhfuil siad le húsáid, go n-ordóidh an E-Pandora Amelia Evans éirí amach a théann go hiomlán ar Nova Clash.
Foghlaimíonn Kazuya níos mó faoi naisc a theaghlaigh leis an Nova chomh maith leis an Pandora. Fuair seanathair Kazuya, Gengo Aoi, an post céanna, a chuireann Rana agus Satailíteoir ar fhoireann uathúil le mná darb ainm Valkyries. Mar sin féin, le linn na gníomhaíochta taispeána le Nova saindeartha atá caocha, bíonn taithí ag na Pandoras ar delusions, chomh maith leis na caocha Novas a bheith ina léigiún de 100s de Nova a dhéanann meath ar Ghéineolaíocht. Cuireann Gengo in aghaidh seo trí na Pandoras Finscéalta ar aintíní Kazuya iad a scaoileadh saor. Iarracht Chevalier chun Gengo a fheallmharú ag fostú roinnt ciontóirí ar a dtugtar na Busters, nuair a athraíonn roinnt de na Pandoras Finscéalta go Novas marfach, ach titeann an sannadh as a chéile.
